Les seccions col·legials són òrgans interns de participació del Col·legi que reuneixen metges amb característiques comunes, que debaten, proposen i defensen aspectes específics de la problemàtica professional comuna en el marc de la normativa professional, i assessoren la Junta de Govern, quan així ho sol·licita.

El 2016, les seccions col·legials han informat sobre les seves activitats i propostes mitjançant la revista i el web col·legial. Els metges de l'Àmbit Sociosanitari han exposat els temes debatuts en la cinquena jornada de debat, que s'ha centrat en l'atenció integrada a la comunitat i les pràctiques col·laboratives d'èxit. El XV Congrés Català de Sinologia ha centrat bona part de l'activitat dels metges de Sinologia i Patologia Mamària, a més de les sessions específiques que van celebrar durant l'any. Així mateix, van renovar la junta les seccions dels Metges del Treball, Metges de Sexologia Mèdica i Metges Naturistes. Els Metges de Residències Geriàtriques van informar sobre la primera jornada que van organitzar sobre el paper del metge de residència en el model d'atenció integrada a Catalunya. Els Metges d'Estètica van exposar les problemàtiques i els temes que preocupen al sector com, entre d'altres, l'acreditació de la seva formació continuada. Els Metges Acupuntors van informar sobre el VII Congrés Internacional organitzat per la secció. Els Metges Homeòpates van explicar què és l'homeopatia. Els projectes de cooperació realitzats durant l'any els van abordar els Metges Cooperadors.

Finalment, cal destacar les nombroses activitats de tipus cultural i lúdic desenvolupades pels Metges Jubilats i l'encoratjament que van fer els Metges de l'Esport perquè es participi en les curses populars organitzades per associacions de pacients.