El CoMB té dividit el seu territori provincial en les comarques de la província de Barcelona: Alt Penedès, Anoia, Bages, Baix Llobregat, Barcelonès, Berguedà, Garraf, Maresme, Osona, Vallès Occidental i Vallès Oriental.
Al capdavant de cadascuna d’aquestes demarcacions comarcals, a excepció del Barcelonès, hi ha una Junta escollida pels metges. En total, hi ha 10 juntes comarcals.
Aquestes Juntes Comarcals tenen funcionament autònom i actuen com a assessores de la Junta de Govern desenvolupant les funcions que aquesta els delega.