El CoMB tiene dividido su territorio provincial en las comarcas de la provincia de Barcelona: Alt Penedès, Anoia, Bages, Baix Llobregat, Barcelonès, Berguedà, Garraf, Maresme, Osona, Vallès Occidental y Vallès Oriental.
Al frente de cada una de estas demarcaciones comarcales, a excepción del Barcelonès, hay una Junta escogida por los médicos. En total, hay 10 juntas comarcales.
Estas Juntas Comarcales tienen funcionamiento autónomo y actúan como asesoras de la Junta de Gobierno desarrollando las funciones que ésta les delega.